Từ năm 2006 Việt Nam là một trong 8 quốc gia được ưu tiên cho vấn đề hợp tác phát triển của Cộng hòa Séc, đồng thời là 1 trong 4 nước, ưu tiên cho hợp tác của Bộ Môi trường CH Séc. 

Chương trình hợp tác chính thức, giữa hai nước từ 2006 – 2010 chủ yếu được quan tâm tới môi trường, giải quyết các gánh nặng môi trường trước đây. Các vấn đề được ưu tiên, là xử lý ô nhiễm môi trường do dioxin, thực hiện hợp tác bảo vệ nguồn nước cũng như xử lý chất thải… 

Séc là một trong những quốc gia tích cực hợp tác, giúp đỡ Việt Nam trong các hoạt động, dự án bảo vệ môi trường. Hàng loạt dự án hợp tác hiệu quả giữa Việt Nam và CH Séc cũng như một số quốc gia khác, đã bắt đầu được thực hiện từ trước đó, đặc biệt là từ năm 2004.

Với 3 dự án lớn: Xử lý ô nhiễm dioxin tại Phong Mỹ - Thừa Thiên – Huế từ năm 2006 – 2010; chương trình làm sạch nước thải sinh hoạt năm 2008; tìm kiếm và khảo sát nguồn nước uống tại Nghệ An; xử lý chất thải ở miền Trung với sự tham gia của các chuyên gia CH Séc và nguồn vốn ngân sách của Bộ Môi trường đã góp phần quan trọng trong việc cải thiện chất lượng môi trường và cuộc sống của người dân địa phương.

Đặc biệt, phía Séc cũng rất ưu tiên và quan tâm tới phát triển làng nghề, truyền thống của Việt Nam. Bên cạnh việc hỗ trợ trong xử lý các vấn đề môi trường, còn thực hiện hỗ trợ công nghệ sản xuất như chuyển đổi, thay thế các lò nung gốm, sứ từ bằng than sang bằng ga tại làng gốm truyền thống Bát Tràng năm 2009 rất thân thiện với môi trường. Theo kết quả đo lường được thì lò nung, đốt cũ, một năm thải ra môi trường 256,8 tấn CO2, chất thải rắn là 48 tấn, trong khi đó, đối với lò đã được cải tạo lại, một năm thải chỉ khoảng 89 tấn CO2, sấy khói thải không còn.

Phát biểu về cơ hội hợp tác trong lĩnh vực môi trường giữa Việt Nam và CH Séc, bà Rut Bizkova Thứ trưởng thứ nhất – Bộ Môi trường Cộng Hòa Séc cho biết: “Năm 2010 là năm kết thúc của chương trình hợp tác toàn diện kéo dài 13 năm từ 1997. Tôi hi vọng rằng Bộ ngoại giao sẽ kết hợp với cơ quan phát triển CH Séc tiếp tục thực hiện sự hợp tác phát triển có chất lượng với các đối tác Việt Nam”.

“Vừa qua kỳ họp lần 2 của Ủy ban hỗn hợp liên chính phủ Séc – Việt về hợp tác thương mại đã diễn ra vào hai ngày 27, 28/9/2010 tại Hà Nội. Trong khuôn khổ kỳ họp Bộ Tài nguyên và Môi trường cũng như Chính phủ Việt Nam cũng khẳng định, sẵn sàng hợp tác với CH Séc để giải quyết các vấn đề ô nhiễm dioxin và các hậu quả của nó, ở một trong ba nơi bị phơi nhiễm nặng nhất, là Sân bay Phù Cát – Bình Định”.