Bộ ngoại giao đưa ra quyết định về biện pháp bảo vệ sức khỏe trên, sau khi đã bàn bạc cùng với  cảnh sát ngoại kiều và Cục vệ sinh dịch tễ.  Năm 2009, tại Praha một bác sỹ nha khoa nước ngoài có HIV dương tính nhưng vẫn chăm sóc bệnh nhân. Còn bệnh lao khá phổ biến trong người nước ngoài tại Séc và chiếm gần 1/5 tổng số người mang bệnh. Năm 2008 số bệnh nhân lao là 835 trường hợp trên toàn Séc. Trong đó người nước ngoài là 176 trường hợp (59 người Mông Cổ, 33 người Ucraina, 30 người Việt Nam, 22 người Slovakia).

Những người Việt xin visa trên 90 ngày vào Séc như đoàn tụ gia đình, học tập, lao động và kinh doanh phải nộp chứng từ chứng minh không mắc bệnh trên tại lãnh sự quán Séc tại Hà Nội. Chứng từ (dịch ra tiếng Séc) do bác sỹ tại Việt Nam cấp, các xét nghiệm phải qua phòng kiểm nghiệm được phê chuẩn, để kết quả là chính xác.

Bộ Ngoại giao Séc cũng đã khai trương trang web đăng ký và cấp thị thực cho người nước ngoài. Hệ thống có tên gọi Visapoint dành cho 16 nước phục vụ cho việc ghi tên những người nước ngoài nộp đơn xin cấp thị thực trên 90 ngày hoặc đơn xin phép cư trú lâu dài trên lãnh thổ Séc tại các cơ quan đại diện của Cộng hòa Séc.

Hệ thống mới này sẽ thay thế toàn bộ các phương thức cũ như Trung tâm tư vấn ở Đại sứ quán, nơi những người có nhu cầu nộp đơn xin cấp thị thực. Hình thức nộp đơn xin cấp thị thực mới này qua Internet chủ yếu phục vụ cho việc quản lý và tạo điều kiện công bằng cho những người xin cấp thị thực và hạn chế việc môi giới có thể gây ra nạn tham nhũng. Theo lời ông Bộ trưởng Bộ Ngoại giao Jan Kohout nói với phóng viên của Thông tấn xã Séc thì hệ thống được chia ra làm nhiều bước, mỗi bước do một người phụ trách. Hệ thống ghi lại những lần đăng nhập của mỗi cá nhân cho nên mọi người có thể tìm kiếm bất cứ khi nào những gì đã xảy ra liên quan đến dơn xin cấp thị thực của mình và ai, khi nào xử lý các công việc liên quan đến việc cấp thị thực.

Trong thời gian gần đây các nhà ngoại giao Séc đã phải hứng chịu búa rìu dư luận về việc cấp thị thực với mục đích lao động ở Việt Nam. Chỉ có những người qua môi giới hối lộ những khoản tiền lớn mới có thể xin được thị thực. Dĩ nhiên là Bộ Ngoại giao đổ lỗi cho những người Việt Nam làm môi giới. Bộ Nội vụ thì nói rằng người Việt Nam đã dịch các tài liệu giả và lợi dụng việc cư trú ở Séc.

Ông Trần Quang Hùng, Phó chủ tịch Hội người Việt Nam ở Séc cho biết: để xin được thị thực những người có nhu cầu phải trả một khoản tiền cho một công ty trung gian. Nghe đâu khoảng từ 8 đến 10 nghìn đô la. Còn ông Michal Král, Đại sứ Séc tại Việt Nam thì khẳng định rằng thứ tự các dơn xin cấp thị thực được nộp vào đại sứ quán không nằm trong tầm kiểm soát của họ mà nó lộn xộn ở đâu đó một cách tự phát.

Ông Marcel Winter, Chủ tịch Hội Séc Việt cho biết chỉ trong vòng 2 năm gần đây, Đại sứ quán Séc ở Việt Nam đã cấp 14.094 thị thực cho người Việt Nam với mục đích kinh doanh. Tức là những người bán hàng chợ mới cũng chẳng biết tý tiếng Séc nào và cũng không được học hành gì cả. Ông Bộ trưởng Bộ Ngoại giao nói rằng họ chưa bao giờ kết luận được là các bộ phận cấp thị thực làm sai nguyên tắc hay có nhận hối lộ.

Theo cơ quan đại diện của Cộng hòa Séc thì Dự án này đã được khai trương tại Hà Nội và chứng tỏ được tính khả thi của nó. Trong giai đoạn 1 hệ thống sẽ được vận hành ở Trung Quốc, Mông Cổ, Thái Lan, Kazắcstan và Uzơbêkistan. Tiếp theo trong gian đoạn 2 sẽ đến các nước Ukrajina, Gruzia, Bạch Nga và một số nước khác. Theo Bộ Ngoại giao thì hệ thống mới này sẽ rất tiện lợi cho những người có nhu cầu xin thị thực.